Franz Hamburger spezialisierte sich nach seinem Medizinstudium auf Pädiatrie. 1930 wurde er Vorstand der Wiener Kinderklinik, die dann rasch zu einer Hochburg des Nationalsozialismus degradierte. Hamburger kooperierte mit dem Wiener Zentrum der Kindermorde  „Am Steinhof“ und hatte so zahlreiche Krankenmorde mitzuverantworten. Bei Kriegsende wurde er von seinen Ämtern enthoben und ging bald danach in Pension.